L’Auditorium des musées de Strasbourg est un espace d’accueil pour diverses manifestations accompagnant les expositions en cours. Mis en place dans un esprit de rigueur et d’autonomie, le but  premier est de parvenir à  une programmation exigeante de concerts (musique contemporaine écrite, improvisée, expérimentale), de projections (documentaire, cinéma expérimental, vidéo), de conférences et de lectures tout au long de l’année. De par ses productions autonomes et ses collaborations avec les institutions culturelles de Strasbourg, une centaine de manifestations se relayent au sein de cette structure dédiée à l’ouverture sur l’art et la culture, contribuant ainsi au rapprochement entre les disciplines artistiques.

Installé dans d'anciennes maisons strasbourgeoises pleines de charme, le musée alsacien, qui a fêté ses 100 ans d’existence en 2007, présente les témoignages de la vie alsacienne traditionnelle aux XVIII et XIXe siècles. Mobilier, costumes, céramique, moules à gâteaux, jouets, images, plus de 5000 objets sont exposés tout au long d'un parcours de trente salles, dont certaines sont des reconstitutions d'intérieurs caractéristiques des différentes régions d'Alsace (plaine agricole, vignoble, vallées vosgiennes). Aux détours des allées, les visiteurs pourront découvrir quelques ateliers d'artisans et surtout une importante section consacrée aux trois confessions ayant cohabité en Alsace avant 1900 : le judaïsme, le catholicisme et le protestantisme.

Installé depuis la fin du XIXe siècle dans le sous-sol du Palais Rohan, le musée archéologique, qui est l'héritier de la Société pour la Conservation des Monuments Historiques d'Alsace fondée en 1855, dispose d'un des fonds les plus riches de France dans le domaine des Antiquités Nationales. Depuis son complet réaménagement et sa réouverture en 1992, le public peut y découvrir plusieurs millénaires de l'histoire antique de l'Alsace, de la Préhistoire (- 600 000 ans) à l'aube du Moyen Age (800 après J.-C.).

Les fouilles archéologiques menées en Alsace - et tout particulièrement à Strasbourg et sa large région - continuent d'enrichir régulièrement les collections du musée, grâce à l'abondant mobilier archéologique mis au jour par les chercheurs. En outre, les expositions temporaires qui sont organisées chaque année par le musée ont pour vocation de présenter l'actualité archéologique régionale ou de porter un regard nouveau sur cette discipline et sa place dans le monde contemporain. Le  musée archéologique est ainsi devenu une vitrine vivante de la recherche archéologique française au coeur du monde rhénan.

S’élevant au bord de l’Ill au cœur du quartier historique de Strasbourg, le musée d’art moderne et contemporain a été inauguré en 1992. Réalisé par l’architecte Adrien Fainsilber, sa conception repose sur la lisibilité et l’ouverture. Ainsi, le but est d’offrir un accès privilégié aux différents départements du musée : espaces d’exposition, collections permanentes, cabinet d’arts graphiques et de photographie, service éducatif, bibliothèque, auditorium, ainsi qu’à un restaurant et une librairie-boutique.

Les collections, enrichies de plusieurs dépôts d’institutions et de particuliers, couvrent la période allant de 1870 à nos jours et un domaine géographique principalement centré sur l’Europe occidentale.

Situé au rez-de-chaussée du Palais Rohan, édifié d'après les plans de Robert de Cotte de 1732 à 1742, le musée des arts décoratifs est divisé en deux sections: les appartements du roi et des cardinaux de Rohan, et les collections d'arts décoratifs strasbourgeois de 1681 au milieu du XIXe siècle comprenant notamment les céramiques Hannong, le mobilier, l'horlogerie, l'orfèvrerie d'argent et de vermeil... La cohérence et la richesse de la collection contribuent au caractère exceptionnel de cet ensemble évoquant admirablement l'art de vivre au XVIIIe siècle.

Situé au premier étage du Palais Rohan, le Musée des Beaux-Arts présente un panorama de l’histoire de la peinture en Europe de ses débuts à 1870. On y rencontre tous les grands mouvements de cette période allant des primitifs italiens et flamands (Giotto, Memling), à la Renaissance et au Maniérisme (Botticelli, Raphaël, Véronèse, Lucas de Leyde, Le Greco) en passant par le Baroque, le Naturalisme et le Classicisme des XVIIe et XVIIIe siècles (Rubens, Vouet, Zurbaran, La Belle Strasbourgeoise de Largillière, Canaletto, Tiepolo, Goya). Le XIXe siècle y est également présenté avec les œuvres de Delacroix, Chasseriau, Corot, Courbet. Avec un fonds complété au fil du temps, ce musée dispose ainsi d’un cachet unique.

Composé de quelques 200 000 œuvres, ce musée couvre cinq siècles dans les domaines et les techniques les plus variés : beaux-arts, arts décoratifs, architecture, histoire, arts populaires.

L’histoire de cette collection prend ses racines à la fin du XIXe siècle, en 1870 précisément. Dès son origine le Cabinet des estampes et des dessins a pour vocation de remplir une double mission d’information du public : sur les beaux-arts d’une part, et sur les arts décoratifs d’autre part. De cette particularité est née le caractère unique de cette collection. Les dessins d’orfèvrerie (plus de 300), d’ornement ou d’architecture, quoi que plus rare, participent néanmoins à la spécificité de ce musée, sans omettre la confidentielle collection de monnaies et de médailles.

Le musée Historique, créé en 1920, est installé dans l’ancienne Grande Boucherie de Strasbourg. Classé monument historique depuis 1929 et fermé depuis l’automne 1987, le bâtiment a rouvert ses portes en 2007. A la fin complète des travaux, la présentation des collections sera organisée autour de trois thèmes : la ville libre du Saint-Empire romain germanique (1262-1681), la ville royale (1681-1789) et la naissance d'une métropole (XIXe et XXe siècles). Depuis juin 2007 le musée présente déjà au public l’histoire de Strasbourg du Moyen-âge au XVIIIe siècle. L’orientation muséographique générale vise à faire du musée historique « un musée sur la société » témoignant de l’histoire de la ville au travers de toutes les époques et de proposer avec les nombreux objets témoins de cette histoire, une réflexion sur l’évolution de la société strasbourgeoise.

Installé depuis 1939 dans les bâtiments des XIVe et XVIe siècles initialement affectés à l’administration du chantier de la Cathédrale, le Musée de l’œuvre Notre-Dame présente l’évolution des arts à Strasbourg et dans les régions du Rhin supérieur entre le XIe et le XVIIe siècle. Chefs d’œuvre de la sculpture du Moyen Age provenant de la Cathédrale, œuvres majeures de l’art du XVe siècle rhénan (en particulier de Conrad de Witz et de Nicolas Gerhaert de Leyde), collections de vitraux, tapisseries, orfèvrerie et mobilier, ensemble de natures mortes de Sébastien Stosskopf y sont exposés.

Si Strasbourg se caractérise par son dynamisme dans le domaine de la culture en général, aucun lieu n’a été imaginé jusqu’à présent pour accueillir des collections d’illustrations. Le Musée Tomi Ungerer – Centre international de l’Illustration a pour vocation de répondre à cette attente grandissante.

Au cœur de ce projet : la volonté de présenter et valoriser l’illustration des XX et XXI^e siècles. Les 8000 œuvres de Tomi Ungerer qu’il a généreusement cédé à la ville, constituent les pièces maîtresses du Centre. Autour d’elles, s’articulent celles d’autres artistes aux horizons internationaux, tels que Willem, Chaval, Maurice Henry, des affichistes polonais ou des « cartoonists » new-yorkais.

Aujourd'hui, le musée zoologique de Strasbourg est une référence : le patrimoine scientifique dont il dispose est un des plus important à l’échelle régionale et mondiale. En effet, le nombre ainsi que la quantité de spécimens qu’il présente est tout à fait prodigieuse. Parmi ces derniers, un million d'insectes, 1 500 mammifères, 9 000 squelettes, 11 000 poissons et reptiles… En outre, l'organisation de formations, de conférences, de jeux et d'ateliers de découvertes pour les jeunes font de cet endroit un musée vivant qui sait se renouveler afin de toujours surprendre son public.